W sumie, do wyboru oddano aż dwadzieścia jeden grywalnych frakcji (m.in. Anglia, Święte Cesarstwo Rzymskie Narodu Niemieckiego, Francja, Szkocja, Dania, Hiszpania, Portugalia, Wenecja, Sycylia, Polska, Rosja, Węgry, Bizancjum, Turcja, Egipt, Mongołowie, czy Aztekowie), z czego każda oczywiście różni się od siebie (przykładowo taktykami używanymi na placu boju). Liczba dostępnych, różnorodnych jednostek przekracza dwieście pięćdziesiąt, jednak nie ze wszystkich można korzystać już na początku zmagań (w miarę postępów w rozgrywce pod noszą komendę dostają się coraz bardziej doborowe oddziały, z lepszym wyposażeniem i umiejętnościami). Rozbudowaniu uległy możliwości przeprowadzania oblężeń budowli przeciwnika. Gracze mogą korzystać z nowych machin oblężniczych (tarany, wyrzutnie pocisków etc.), jak również niszczyć mury fortecy wroga za pomocą ciężkiej artylerii w postaci dział. Jeżeli chodzi o zależności ekonomiczne, gospodarcze, handlowe i polityczne to także zadbano o pełną zgodność z historią. Podobnie jak to miało miejsce w dwóch poprzednich częściach serii Total War, rozgrywka w Medieval II w dalszym ciągu podzielona jest na dwie części: turową (rządzimy państwem, powiększamy granice, budujemy miasta, zamki, dbamy o rozwój ekonomiczny i przygotowujemy zakrojone na szerszą skalę kampanie wojenne) oraz bitewną (dowodzimy posiadanymi jednostkami podczas faktycznego starcia z siłami oponenta, w czasie rzeczywistym). W tej ostatniej osoby siedzące przed komputerami mogą dokładnie zapoznać się z dokonaniami grafików Creative Assembly.
Opisywany tytuł korzysta ze zmodyfikowanej i ulepszonej wersji silnika znanego z Rome: Total War. W jednej bitwie jednocześnie może wziąć udział ponad dziesięć tysięcy postaci, czyli podobnie jak w poprzednich odsłonach cyklu. Jakość ich przedstawienia i ogólny poziom detali stoją jednak na znacznie wyższym poziomie - developerzy zadbali o unikatowość każdego walczącego żołnierza (różne zbroje, miecze, symbole herbów na tarczach, postura, twarz etc.), przygotowali ponad tysiąc nowych animacji ruchów wojaków (technika motion-capture), czy zupełnie nowy system zniszczeń w przypadku budowli. To wszystko bez wątpienia podnosi realizm rozgrywki - gracz czuje się, jakby brał udział w naprawdę epickiej bitwie.
Frakcje:
- Cesarstwo Bizantyjskie
- Dania
- Egipt
- Anglia
- Francja
- Święte Cesarstwo Rzymskie
- Węgry
- Mediolan
- Maurowie
- Polska
- Portugalia
- Rosja
- Szkocja
- Sycylia
- Hiszpania
- Turcy
- Wenecja
- Aztekowie
- Mongołowie
- Państwo papieskie
- Rebelianci
- Timurdzi